Sin embargo, con el tiempo las cosas empezaron a torcerse cada vez más, siendo la derrota frente al Alavés, el 23 de noviembre, camiseta futbol inglaterra un momento que marcaría un antes y un después en el devenir de la temporada. En 2009 obtuvo su primer y único título profesional al consagrarse campeón del Torneo Apertura 2009, y su segundo título oficial, ya que logró una copa nacional oficial durante la era amateur (la Copa de Honor Municipalidad de Buenos Aires, conquistada en 1920). A nivel internacional, su mejor participación ha sido en la Copa Libertadores 2005, en donde llegó hasta los cuartos de final.
